Misją Instytutu jest podnoszenie znaczenia Polski i Europy Środkowo-Wschodniej we współczesnym świecie. Wybór nazwy nie był przypadkowy. Dzięki dynastii Jagiellonów szerzono takie ponadczasowe wartości, jak: godność człowieka i rodziny, równowaga praw i obowiązków, wolność osobista i narodowa, poszanowanie tradycji i wspólnego dobra. Efektem ich działań była znacząca poprawa jakości życia publicznego, kulturalnego, naukowego i gospodarczego. Dziś spuścizna ta może stanowić inspirację do rozwoju narodów naszego regionu oraz do współpracy między nimi.